熊本信愛女学院は、国内外に姉妹校を有し、教育理念を共有する学校との交流を大切にしています。海外では、オーストラリアおよび台湾に姉妹校を持ち、セント・コロンバス・カレッジでは、姉妹校の生徒宅にホームステイを行い、現地での学校生活を体験します。また、衛理女子高級中学とは、高校修学旅行での訪問に加え、同校の熊本修学旅行の際には本校を訪問し、市内散策などを通して交流を深めています。